„Mushishi Zoku Shou 2nd Season” to kontynuacja przygód Ginko, podróżującego Mushishi, który stara się odkryć i naprawić tajemnicze zmiany, jakie w ludzkiej egzystencji wywołują duchowe istoty znane jako Mushi. Czasem są to dobrze widoczne efekty, takie jak pętle czasowe czy telepatia, ale często skutki są mniej oczywiste i odkrywane po latach. Ginko staje się arbitrem, rozstrzygającym, które Mushi są błogosławieństwem, a które przekleństwem, chociaż te granice są subiektywne. Tym, którzy spotkali Mushi, przyjdzie zaakceptować niewyobrażalne konsekwencje swoich działań i uleczyć rany, o których nie wiedzieli.