„Muv-Luv Alternative: Total Eclipse” to zaskakujące połączenie science-fiction z militariami. Po inwazji wrogiej kosmicznej rasy BETA na Ziemię w 1973 roku, ludzkość musi stawić czoła bezlitosnemu przeciwnikowi, zdolnemu zniszczyć całe floty samolotów. Aby przeciwstawić się BETA, ludzie rozwijają gigantyczne pancerne kombinezony zwane Tactical Surface Fighters, a protagonistką serii jest Yui Takamura, młoda pilotka tego typu jednostki. Po tragicznych wydarzeniach z 1998 roku, Yui ląduje w międzynarodowym programie rozwoju nowych TSF, gdzie musi stawić czoło zarówno politycznym napięciom, jak i osobistym demonom przeszłości.