Miharu Rokujo to niepozorny, spokojny uczeń, który niczym się nie wyróżnia—jednak skrywa w sobie niezwykłą moc, Shinra Banshou, pradawną i potężną technikę mogącą dać jej właścicielowi kontrolę nad światem ninja Nabari. Choć Miharu nie ma żadnego zainteresowania światem ninjutsu ani polityką shinobi, szybko znajduje się w centrum zaciekłej walki pomiędzy rywalizującymi klanami i organizacjami, które za wszelką cenę chcą zdobyć jego moc. Z pomocą swojego nauczyciela angielskiego Tobari Kumohiry, kolegi z klasy Kouichiego oraz tajemniczego Yoite, Miharu będzie musiał odkryć siłę ukrytą w sobie oraz podjąć decyzję, która może zmienić losy wielu osób. Nabari no Ou to emocjonalna, pełna intryg i wewnętrznych konfliktów opowieść o przyjaźni, zdradzie oraz wyborach, przed którymi staje młody chłopak uwikłany w brutalną rywalizację tajnych wojowników.
