„Nanami-chan 2nd Series” to kontynuacja opowieści o Michi i jej nowym, niezwykłym domu – Drzewie Szczęścia, które skrywa wiele małych domków i budynków. Wśród nich jest pokój Michi, gdzie dziewczynka znajduje dziwny orzech. Z niego wylęga się Nanami-chan, z którym Michi szybko zaprzyjaźnia się. Razem poznają codzienność Drzewa Szczęścia, gdzie każdego dnia spotykają jego ekscentrycznych mieszkańców. Wspólnie uczą się nowych rzeczy i odkrywają tajemnice swojego domu.