„Naruto: Shippuuden Movie 3 – Hi no Ishi wo Tsugu Mono” przedstawia zmagania bohaterów z Hiruko – dawnym ninja z Konohagakure, który jest obsesyjnie zafascynowany mocą. Po zniknięciu czterech ninja dysponujących unikalnymi zdolnościami, Kakashi Hatake, Naruto Uzumaki, Sakura Haruno i Sai są wysyłani do śledztwa. Wszystko się komplikuje, gdy Hiruko oznajmia, że pochłonął ich zdolności i planuje zacząć wojnę na całym świecie. Czy Naruto i jego drużyna będą w stanie powstrzymać go na czas? Uzbrojona w poszlakę z przeszłości, Tsunade otrzymuje ultimatum, że musi rozwiązać kryzys.