„Natsume Yuujinchou San” to opowieść o chłopcu o imieniu Takashi Natsume, który ma umiejętność widzenia yōkai, czyli duchów z japońskiego folkloru. Wraz ze swoim ochroniarzem Madarą, zwanym Nyanko-sensei, kontynuuje swoją misję uwolnienia yōkai od ich kontraktów w „Księdze Przyjaciół”. Z czasem Natsume dojrzewa do swojej zdolności dostrzegania yōkai i przestaje traktować ją jako przekleństwo. Spędzając coraz więcej czasu zarówno ze swoimi ludzkimi, jak i yōkai przyjaciółmi, Natsume uświadamia sobie, jak ważne są dla niego obie te sfery i że nie musi wybierać między nimi, aby być szczęśliwym.