„Natsume Yuujinchou Shi” to kontynuacja podróży Takashiego Natsume, nieśmiałego eksperta youkai i mistrza Księgi Przyjaciół. Na swojej drodze do samopoznania i akceptacji, Natsume spotyka zarówno nowych, jak i starych przyjaciół. Jego najważniejszym sprzymierzeńcem jest uparty, aczkolwiek ochronny duch wilka Madara, zwany Nyanko-sensei w swoim zwyczajnym przebraniu za niewinnie wyglądającą, puszystą kota. Kiedy Natsume zostaje porwany przez grupę dziwnych youkai w maskach, Nyanko-sensei rozpoczyna operację ratunkową, korzystając z pomocy przyjaciół Natsume. Podróż Natsume przekracza różne granice, od straszliwej twierdzy Matoba do domu jego dzieciństwa, zmuszając go do stawienia czoła demonom swojej przeszłości.