„Neo Angelique Abyss” to anime o Angelique, młodej dziewczynie, która prowadzi spokojne życie w pewnej szkole. Równocześnie, świat jest nawiedzany przez niebezpieczne potwory o nazwie Thanatos, które pojawiają się coraz częściej. Pewnego dnia, do szkoły przybywają Purificatorzy, ludzie z mocą do zgładzania Thanatos. Jeden z nich, Nyx, namawia Angelique, aby dołączyła do nich, jako że posiada ona potencjał, by stać się jedyną żeńską Purificatorką. Kiedy Thanatos zaatakował szkołę, a przyjaciele Angelique padli ofiarami potworów, jej pragnienie ratowania wszystkich budzi się. Angelique staje się jedyną żeńską Purificatorką w krainie Arcadia, znaną jako „Jajko Królowej”.