„Shinseiki Evangelion” to opowieść, która rozgrywa się 15 lat po kataklizmicznym wydarzeniu znanym jako Drugi Impakt. Świat stoi w obliczu nowego zagrożenia – potężnych niebiańskich istot zwanych Aniołami, które atakują Tokyo-3. Jedyną nadzieją na ocalenie ludzkości jest tajemnicza organizacja NERV, kierowana przez chłodnego Gendou Ikari. NERV wykorzystuje gigantyczne roboty zwanymi „Evangeliony”, by walczyć z Aniołami za pomocą najnowocześniejszej broni.
Gdy 14-letni syn Gendou, Shinji Ikari, powraca do Tokyo-3, zostaje zmuszony do wzięcia udziału w walce. Pomimo brutalnego traumatycznego doświadczenia, jakim jest pilotowanie Evangelionu, Shinji broni miasta, nieświadomy ciemnych planów swojego ojca.