„Ninja Hattori-kun” to niecodzienność rodziny Sanyo, która niespodziewanie zostaje przeinaczyć przez nowego lokatora – chłopca ninja o imieniu Hattori. Pochodzi on z gór Iga i postanowił uczęszczać do normalnej szkoły. Dzięki przyjaźni z Kenichi Sanyo, rówieśnikiem, Hattori zaczyna chodzić do szkoły incognito. Czasami towarzyszy mu jego brat Shinzo, ninja pies Shishimaru i dziewczyna Kenichi, Yumeko. Grupa jest również nękana przez rywala ninja z Koga, Kemumaki, i jego złego pomocnika, Kagechiyo Shadow-cat.