„Ninpuu Kamui Gaiden” to przyciągająca uwagę historia o ninji z epoki Edo o imieniu Kamui, który postanawia porzucić swój klan. W konsekwencji tego decyzji członkowie jego dawnej grupy nieustannie go ścigają, uznając go za zdrajcę. Kamui, korzystając ze swojej inteligencji i swych niezwykłych umiejętności, podróżuje po Japonii, próbując uniknąć śmierci. W miarę rozwoju fabuły, ciągłe prześladowania doprowadzają Kamui do paranoi, zaczyna podejrzewać, że wszyscy dążą do jego śmierci i traci zaufanie do ludzi.