„Nintama Rantarou: Saraba Ninjutsu Gakuen no Dan” to pełna niespodzianek opowieść o młodym ninja Rantarou, który niespodziewanie opuszcza swoją Akademię Ninjutsu ze względu na nieporozumienie. Jednocześnie, drużyna ninja z Zamku Dokutake znów knuje coś niecnych… Czy Rantarou będzie w stanie stawić im czoła?