Chidori jest młodą, energiczną i niezwykle uzdolnioną ninją, która pragnie wiernie służyć samemu Nobunadze Odzie, legendarnemu władcy feudalnej Japonii. Opowieść osadzona jest w burzliwym okresie Sengoku, gdy kraj pogrążony jest w nieustających konfliktach między rywalizującymi ze sobą klanami feudalnymi. Mimo, iż Chidori to profesjonalna wojowniczka, jej drobna sylwetka i naiwna osobowość często wprowadzają liczne komediowe sytuacje i powodują nieoczekiwane komplikacje. W trakcie swoich misji spotyka różnych historycznych bohaterów, podpatrując kulisy najbardziej doniosłych wydarzeń. Nobunaga no Shinobi tonem przypomina satyryczne spojrzenie na dramatyczne dzieje Japonii, prezentując humorystyczne scenki przeplatane autentycznymi wydarzeniami z życia sławnego wodza oraz jego otoczenia. Czy Chidori sprosta wszystkim zadaniom powierzonym przez ambitnego Nobunagę, jednocześnie zachowując optymizm i lojalność?
