„Oooku” to historia osadzona w okresie Edo w Japonii, który niezmiennie trwa, mimo zapowiedzi bliskiej zguby. Nowa siogun, Yoshimune „Nobu” Tokugawa, napotyka na szereg tradycji, które z jej nowoczesnego punktu widzenia, wydają się bezsensowne. Choć męska populacja jest doszczętnie zdziesiątkowana przez epidemię, to wciąż są w stanie zgromadzić trzy tysiące młodych, zwinnych i pięknych mężczyzn do służby w Oooku – wewnętrznych komnatach sioguna.
Nobu odkrywa pochodzenie istniejącej hierarchii, w której to kobiety stoją na czele rodzin i rządzą narodem, badając kroniki dotyczące dziwacznej choroby. Wielu praw i tradycji musiało ulec zmianie by dostosować się do zarazy. Szczególnie przyciąga uwagę historia pierwszej żeńskiej siogun, Iemitsu Tokugawa i młody mnich Arikoto Madenokoji, który musi porzucić swoje dotychczasowe życie i poświęcić resztę swoich dni służąc siogun i jej Oooku.