„Persona: Trinity Soul” to futurystyczna opowieść o trzech braciach, którzy spotykają się ponownie po dziesięciu latach w Ayanagi City – mieście powstałym, aby odbudować się po klęsce spowodowanej „Syndromem Apatii”. W mieście dochodzi do serii tajemniczych zdarzeń, których ofiarami jest załoga znikającego nagle okrętu podwodnego, a także studenci zmieniający się w okrutny sposób. Starszy brat, Ryou, będący szefem policji, prowadzi dochodzenie, podczas którego Shin budzi w sobie „Personę”.