„Phantasy Star Online 2 The Animation” to anime osadzone w 2027 roku, gdzie gra wideo Phantasy Star Online 2 garnie ogromne poklaski w Akademii Siega. Wszyscy uczniowie, z wyjątkiem wszechstronnie utalentowanego Itsukiego Tachibany, są wciągnięci w tę modę. Gra jest obecnie poddawana przeglądowi w Akademii Siega, by ocenić, czy ma negatywny wpływ na uczniów. To zwraca na Itsukiego uwagę Rinę Izumi, perfekcjonistyczną przewodniczącą samorządu uczniowskiego, która dąży do udowodnienia, że gra nie jest winna. Rina rekrutuje Itsukiego jako wiceprezydenta samorządu uczniowskiego i zleca mu naukę gry, jednocześnie utrzymując dobre oceny. Teraz, zmuszony każdego dnia raportować Rina swoje odkrycia dotyczące gry i analizować jej walory, Itsuki dzierży w swoich rękach los Phantasy Star Online 2.