„Phi Brain: Kami no Puzzle – Orpheus Order-hen” to kontynuacja rywalizacji Kaito Daimona z chciwymi na władzę członkami POG, którzy zastawiają na niego coraz trudniejsze i bardziej śmiertelne zagadki. Jeden z członków drużyny już zmienił strony. Czy Kaito zdoła dalej rozwiązywać śmiertelne pułapki i dotrzeć do legendarnego Puzzle of God? Co ważniejsze, czy będzie w stanie zrozumieć te zagadki i zachować przy tym zdrowy rozsądek?