„Pokemon Crystal: Raikou Ikazuchi no Densetsu” to opowieść o Kencie, aspirującym mistrzu Pokemonów, który spotyka się ze swoją przyjaciółką z dzieciństwa, Mariną, w Centrum Pokemon, aby sprawdzić swoje umiejętności. Ich walka zostaje przerwana przez burzę i przybycie Bashou i Buson, członków Roketto-Dan, którzy korzystają z Systemu Kryształowego przyciągającego Pokemony typu Elektrycznego. Ich celem jest przywrócenie Pokemonów do Sakaki pod kierunkiem Shiranui-hakase. Kenta i Marina natrafiają na ten plan i próbują go zatrzymać, ale sytuacja komplikuje się, gdy zostaje schwytany legendarny Pokemon Raikou.