„Pokemon: Mewtwo! Ware wa Koko ni Ari” to ekscytująca historia o tym, jak lider Team Rocket, Giovanni, odnajduje Mewtwo w odległym rejonie regionu Johto. Podczas próby ponownego schwytania Mewtwo, Ash i jego przyjaciele zostają porwani przez nowego członka Team Rocket, Domino, podczas próby uratowania Pikachu przed Jessie i Jamesem. Klonowane Pokemony również zostają schwytane i użyte jako przynęta dla Mewtwo. Następuje konfrontacja między Giovanni i Mewtwo, a Mewtwo próbuje zrozumieć, czy on i klony mają jakiś cel w życiu, mimo że są wynikiem eksperymentów naukowych.