Anime „Pokemon XY: Mega Evolution” jest fascynującą podróżą Alaina i jego Lizardona, którzy pragną opanować moc mega ewolucji i stać się jeszcze silniejsi. Podczas gdy odkrywają tajemnice tego zjawiska na zlecenie enigmatycznego Fleur-de-lis, przemierzają regiony Kalos i Hoenn w poszukiwaniu zdolnych trenerów, który mogą wykorzystać mega ewolucję. Po drodze, spotykają młodą dziewczynę, Manon, która zdecydowała się towarzyszyć Alainowi wraz ze swoim Harimaronem. Wraz z walką przeciwko legendarnym potworom, muszą także chronić ambitne plany Fleur-de-lis oraz bezpieczeństwo najważniejszych dla nich osób.