„Project Scard: Praeter no Kizu” to historia o Akatsuki Special Ward, miejscu pełnym chciwości i przemocy, które jest celem ataku obcych organizacji. To teren walki, na którym niezależni obywatele są ofiarami krzyżowego ognia. W tym chaosie pojawiają się Scard – stróże, którzy posiadają nadprzyrodzone zdolności dzięki nadanych im przez boga tatuaży. Najbardziej znanym z nich jest Eiji Arashiba, Bohater Akatsuki, chroniący dzielnicę przed tyranami z zewnątrz.
Pewnego dnia Eiji trafia na Dusk, mafię, w której poznaje Yamato Kaya. Pomimo starań, Yamato nie udaje się obronić Eijiego przed strzałem snajpera. Jego tatuaż zostaje trafiony, a on sam ranny. Aby uratować Yamato, Eiji przekazuje mu swój tatuaż, powierzając mu zadanie ochrony Akatsuki Special Ward.
Czy Yamato, stojąc w obliczu upadku dzielnicy, będzie w stanie wykorzystać nowo odkryte moce Scard, aby chronić swoich najbliższych? Czy załamie się, próbując stać się nowym Bohaterem Akatsuki?