Ahiru jest niezdarną, lecz pełną energii i marzeń kaczką, która niespodziewanie zyskuje ludzką postać, można wręcz powiedzieć — przemienia się w pełną gracji dziewczynę. Zdobywa również moc zamiany w czarodziejską balerinę, znaną jako „Princess Tutu”. Akcja anime dzieje się w klimatycznym bajkowym miasteczku, gdzie baśń przeplata się z rzeczywistością, a los bohaterów wydaje się być kontrolowany przez samego autora tajemniczych opowieści. Ahiru postanawia odszukać fragmenty serca młodego księcia Mytho, który utracił emocje i wspomnienia. Jednak wkrótce dziewczyna przekonuje się, że ingerując w baśń, uruchamia ciąg zdarzeń o nieprzewidzianych konsekwencjach. Łącząc baśniowy klimat, subtelną romantykę i nieco mroczny wydźwięk, Princess Tutu porusza pytania o wolną wolę, przeznaczenie i cenę marzeń.

