„Re-Main” to opowieść o Minato Kiyomizie, który po przebudzeniu ze śpiączki nie pamięta swoich szkolnych lat. W wyniku wypadku samochodowego stracił pamięć o swojej przeszłości jako obiecujący gracz w piłkę wodną. Stara się wrócić do swojej dawnego ja poprzez intensywną rehabilitację i nowe życie bez sportu. Jednak już pierwszego dnia w liceum Yamanami, Minato natychmiast zostaje przypomniany o swoim dawnej zawodzie i obietnicy. Mimo pełnej świadomości swojej nieporadności, dołącza do klubu piłki wodnej! Wraz ze swoimi kolegami z drużyny musi zwerbować nowych członków do siedmioosobowej drużyny. Minato próbuje ponownie rozbudzić swój głęboko ukryty talent do piłki wodnej i ponownie stać się jednym z renomowanych graczy w Japonii.