„s.CRY.ed” to anime ukazujące skutki absurdalnego zjawiska środowiskowego, które miało miejsce 22 lata temu w prefekturze Kanazawa – ziemia rozszczepiła się i wysunęła do góry, tworząc odizolowany obszar zvaný „Zagubione Terytorium”. Główny bohater, Kazuma, to młody najemnik z niezwykłą zdolnością Alter, umożliwiającą mu pokrywanie prawej ręki i klatki piersiowej metalowym stopem. W trudnym, surowym środowisku Zagubionego Terytorium Kazuma musi szukać dowolnej pracy, aby przeżyć. Jego życie zmienia się, gdy spotyka przedstawicieli HOLY – organizacji z misją tłumienia i złapania osób z zdolnościami Alter.