„Saikyou Ginga Ultimate Zero: Battle Spirits” to fascynująca podróż przez kolorową galaktykę pełną rozproszonych kart do gry. Głównym bohaterem jest Rei, ekstrawagancki wędrowiec, który marzy o zdobyciu tytułu „Numer Jeden”. Wspomaga go mały smok Mugen i gadający robot Salt. Rei regularnie bierze udział w efektownych bitwach, w których stawka jest bardzo wysoka.
Pewnego dnia Rei spotyka Raira i Rikuto April, którzy posiadają wskazówki dotyczące lokalizacji „najpotężniejszej” karty Battle Spirits. Razem wyruszają w poszukiwanie tej karty, napotykając po drodze wielu barwnych postaci. Ich przygoda przyciąga uwagę Gildii, przebiegłych złoczyńców, którzy również pragną zdobyć kartę Ultimate Battle Spirits. Walcząc z Gildią, Rei musi udowodnić, że na prawdę jest numerem jeden, odkrywając przy tym tajemnice związane z losem wszechświata.