„Santa Company: Manatsu no Merry Christmas” to historia o międzynarodowej organizacji, która zajmuje się dostarczaniem prezentów dzieciom na całym świecie. Elfy, zwane „tonttus”, pomagają św. Mikołajom co roku – pakują prezenty, hodują renifery i pomagają w dostawach. Młoda tonttu Mint Rondo rozpoczyna szkolenie, podążając śladami starszego brata, aby sama stać się Świętym Mikołajem. Niestety, niezręczność Minta sprawia, że zaczyna odstawać od rówieśników.
Pewnego dnia, siedząc na plaży, Mint, Thomas i Noah odkrywają największe zagrożenie dla Santa Company do tej pory: zanieczyszczenie oceanu! Zbierające się śmieci stają się niezauważalne, a rosnące niebezpieczeństwo zagraża morskiej faunie oraz członkom Santa Company. Czy Mint uda się uporać z problemami i ocalić wszystkich na wyspie na czas do wigilii?