„Scarlet Nexus” to anime osadzone w roku 2020, w którym naród zmaga się z zagrożeniem ze strony „Innych” – tajemniczych potworów, które spadają z nieba i żywią się ludzkimi mózgami. Jednocześnie odkryto psionikę, hormon dający niektórym ludziom nadprzyrodzone zdolności skuteczne przeciwko tym stworzeniom. Z tych powodów powołano Siły Pacyfikacyjne Innych (OSF), aby zwalczać te monstrum i ocalić ludzkość. Wśród młodych adeptów z psionicznymi zdolnościami znajduje się Yuito Sumeragi, zdeterminowany syn założyciela OSF, który ma na celu odwdzięczenie się za ratunek, jakiego doświadczył jako pięciolatek. Wkrótce jednak, Yuito odkrywa, że kobieta, która go uratowała, przypomina mu jedną z jego nowych koleżanek z drużyny, a to dopiero początek wielu tajemnic i spisków, jakie przyjdzie mu rozwikłać.