„Scrapped Princess” to historia o Pacifica Casull, która należy do rodziny królewskiej, ale została opuszczona po apokaliptycznej przepowiedni, która przewiduje, że zniszczy świat w swoje 16. urodziny. Dzięki dobroci pewnej rodziny, uniknęła pewnej śmierci i znalazła schronienie u swojego starszego brata i siostry, Shannon i Raquel Casull. Kiedy informacje o jej przeżyciu docierają do uszu wielbicieli Boga Mausera, postanawiają zabić Pacifica za wszelką cenę, zmuszając ją do ucieczki. W miarę zbliżania się 16. urodzin Pacifica, prawdziwa natura Scrapped Princess i szokujące odkrycia dotyczące samego świata stają się coraz bardziej oczywiste.