Makoto Hanaoka to śliczny uczeń liceum, który od dawna wzbudza zainteresowanie i zachwyt wśród rówieśników swoją wyjątkową urodą. Jednak jego sekret polega na tym, że tak naprawdę jest chłopakiem przebierającym się za dziewczynę. Pewnego dnia Makoto otrzymuje niespodziewane wyznanie uczuć od swojego młodszego kolegi, Ryuuseia Aoyamy. Choć początkowo sytuacja prowadzi do licznych zabawnych nieporozumień, obaj chłopcy zaczynają zbliżać się do siebie, odkrywając, że emocje nie zawsze pokrywają się z tym, co widoczne na pierwszy rzut oka. „Senpai wa Otokonoko” to słodko-gorzka komedia szkolna, pełna romantycznych sytuacji i humoru, podejmująca tematykę akceptacji, tożsamości oraz odwagi, by być sobą.
