„Shakugan no Shana II” to kontynuacja walki Shanы, zwaną „Płomienno-włosą palącą-okołołowieczką”, z mieszkańcami Czerwonego Królestwa. W Misaki City oni nadal kradną energię życiową od ludzi. Zadaniem Shanы, jako Flame Haze, jest ochrona ludzi przed utratą ich istnienia. Jednak jej uwaga wydaje się skupiać na jednym młodzieńcu, Yuuji Sakai, który niechcący został wciągnięty do walki pomiędzy Czerwonymi Mieszkańcami a Flame Hazes. Tymczasem, nowy uczeń przenosi się do ich szkoły, a jego wygląd przypomina starego wroga. Yuuji i Shana muszą stawić czoła swoim uczuciom, będąc jednocześnie na straży przed kolejnym atakiem organizacji Bal Masqué.