„Shangri-La” to postapokaliptyczne anime, w którym znaczna część Japonii, nawiedzonej przez trzęsienia ziemi, została zniszczona, co prowadzi do przewagi zieleni. Rządy regulują większość światowych emisji, co prowadzi do ogromnych podziałów klasowych i dysproporcji ekonomicznych. Japoński rząd uruchamia „Projekt Atlas” – utopijne miasto, które zastąpi Tokio, lecz może pomieścić tylko ograniczoną liczbę osób. Winni zatem żyć poza murami miasta, jako uchodźcy.
Historia skupia się na grupie buntowników, znanej jako „Metal-Age”, która sprzeciwia się temu dyktatorskiemu planowi. Włączają oni Kuniko Houjou, spadkobierczyni zbuntowanego miasta, Mikuni – tajemnicze i potężne dziecko schowane w sekretnym świątynnym kompleksie, i Karin Ishidę, genialny ekonomiczny talent z wpływami na rynki na całym świecie. However, czy tej grupie uda się pokazać, że inkluzja i współpraca przewyższają okrutną segregację?