„Shenmue the Animation” to tajemnicza historia z 1985 roku, rozgrywająca się w Yokosuka. Główny bohater, Ryo Hazuki, od dzieciństwa trenował sztukę jujitsu pod okiem surowego ojca. Pewnego dnia tajemniczy mężczyzna o imieniu Lan Di morduje jego ojca i kradnie „lustro”, które jego ojciec strzegł. Ryo decyduje się odkryć prawdę za morderstwem ojca, nieświadomy, że wkracza w wir konfliktu pomiędzy podziemnymi organizacjami. Jego długa podróż, prowadząca z Yokosuka do Hongkongu, dopiero się zaczyna!