„Shiba Inuko-san” to nietypowa historia szkolna średniojęzycznej uczennicy, Chako Ishibashi. Pewien osobliwy detal w jej codziennym życiu to Shibainuko-san, uczennica siedząca obok niej, która wygląda jak pies rasy Shiba Inu, a nie jak człowiek. Upośledzony, pełen dobrych chęci i posiadający maniery zarówno psa, jak i człowieka, jej niecodzienna koleżanka z klasy jest kochana przez wszystkich. Jednak Chako zauważa, że jej inni koledzy z klasy wydają się nie zauważać fizycznego wyglądu Shibainuko-san. Czy pies może chodzić do szkoły i być normalnym uczniem? Dołącz do Chako i jej najlepszej przyjaciółki Naho w ich krótkich przygodach ze swoją niezwykłą koleżanką, która może albo nie być psem.