W świecie, gdzie siła i pozycja magów determinowane są przez rodzaj magicznego znamienia, młody czarodziej Matthias zostaje uznany za mającego najgorszą, „najbardziej bezużyteczną” runę. Nikt jednak nie wie, że chłopak to w rzeczywistości reinkarnacja legendarnego mędrca, który pragnął rozpocząć życie od początku, aby zdobyć jedyne znamię, jakiego brakowało mu wcześniej. Ku jego zdziwieniu, po odrodzeniu trafia do świata mocno zmienionego przez upływ czasu — gdzie magia znacznie podupadła, a wiedza o sztukach starożytnych zaginęła niemal całkowicie. Uzbrojony w wiedzę i doświadczenie ze swojego poprzedniego życia, Matthias zaczyna uczęszczać do akademii magicznej, by odzyskać utraconą sztukę magii i przezwyciężyć ograniczenia nałożone przez jego pozornie słabe znamię. „Shikkakumon no Saikyou Kenja” to lekka i humorystyczna historia fantasy śledząca wysiłki genialnego protagonisty, próbującego zmienić postrzeganie otaczających go ludzi i pokonać potężne zagrożenia czyhające na świat.