„Shin Sakura Taisen the Animation” to anime osadzone w 1941 roku, rok po pokonaniu Sotetsu Genana. Kapitan Seijuurou Kamiyama z Tokijskiego Oddziału Walki Imperium opuszcza swoje stanowisko na tajemniczej misji, a tymczasowe dowództwo przejmuje Sakura Amamiya. Po pewnym incydencie w Europie, Kamiyama powierza młodej Rosjance, Klarze M. Ruzhkovej, opiekę nad Oddziałem. Ale kapitan Moskiewskiego Oddziału Walki, Valery Kaminski, zostaje wysłany do Tokio, aby odzyskać Klarę, co Oddział stara się mu uniemożliwić.