„Shin Taketori Monogatari: 1000-nen Joou” to historia o zwykłym uczniu szkoły podstawowej, Hajimem Amamori, który po stracie rodziców w wyniku wybuchu, trafia pod opiekę wuja, astronom. W obserwatorium spotyka dziewczynę, w której wpadł wcześniej w oko – Yukino Yayoi. Okazuje się, że Yayoi nie jest taka, jaką wydaje się na pierwszy rzut oka. Jest „Królową Tysiąclecia” wybraną przez swoją rodzinna planetę, LaMetal, aby pomóc Ziemi przygotować się na możliwą jej zagładę, spowodowaną przez zbliżający się LaMetal. Różne postacie, z różnymi motywacjami i tajemnicami zaczynają pojawiać się wokół Yayoi, co tylko zwieksza intrygę. To ciekawa mieszanka sci-fi i dramatu, z odrobiną romantycznych napięć.