Tysiące lat temu, potężny smok Bahamut niemal sprowadził zagładę na cały świat. Dzięki sojuszowi bogów, demonów i ludzi bestia została pokonana, a klucz do jej więzienia podzielono między zwaśnione frakcje. Jednak współczesny świat ponownie staje na krawędzi katastrofy, gdy tajemnicza dziewczyna Amira wykrada połowę klucza bogów. Zostaje ona szybko uwikłana w przygodę u boku awanturniczego łowcy nagród Favaro Leone, beztroskiego oszusta z zamiłowaniem do niebezpiecznych misji i beztroskiego stylu życia. Ścigani przez wojujące strony, bohaterowie podróżują poprzez krainy pełne mitologicznych istot, magii oraz nieustających niebezpieczeństw, próbując powstrzymać zbliżające się przebudzenie Bahamuta. „Shingeki no Bahamut: Genesis” to dynamiczna opowieść fantasy, w której humor, akcja i spektakularne walki mieszają się z motywem odwiecznej walki dobra ze złem oraz próbą ocalenia świata przed nieuniknioną zagładą.
