„W Sky Girls, niedaleka przyszłość przedstawia Ziemię w stanie wojny z obcymi istotami zwane Worms. Wojna zdziesiątkowała ludność Ziemi, głównie młodych mężczyzn. Po odparciu ataku Worms, ich ponowne pojawienie się zapowiada utworzenie jednostki mecha o nazwie Sonic Divers. Trzy młode dziewczyny stają się pilotami, aby przeciwstawić się temu zagrożeniu.”