„Sora no Method” to emocjonalna historia przyjaźni, tęsknoty i niezrealizowanych marzeń. Grupa przyjaciół, wśród których znajdują się Nonoka Komiya, Koharu Shiihara, Shione Togawa i bliźniaki Yuzuki i Souta Mizusaka, próbują przywołać latający spodek, mając nadzieję, że spełni ich pragnienia. Po latach Nonoka wraca do miasta Kiriya, zapominając o wszystkim, co wiązało się z jej tamtejszym życiem. Spotyka dziwnie ubraną małą dziewczynkę – Noel, której tajemniczą rolę odkrywa stopniowo, odkrywając przy tym swoją przeszłość i dążąc do naprawy zerwanych więzi.