„Soukyuu no Fafner: Dead Aggressor – Exodus” to kontynuacja futurystycznej bitwy z roku 2150 przeciwko Festums, kosmicznym istotom opartym na krzemie. Fragmenty Północnego Bieguna Mir rozsiane są po całym świecie, zaczynając działać niezależnie. Większość z nich nienawidzi ludzkości i atakuje ją, jednak niektóre wybierają współistnienie z ludźmi. Wśród ludzi istnieją również istoty, które są zarówno ludźmi, jak i Festum, co dodatkowo komplikuje sytuację podczas bitwy.