„Spriggan” to opowieść o zaawansowanej obcej cywilizacji, która zamieszkiwała Ziemię na długo przed epoką prehistorycznego człowieka. Chociaż te istoty doprowadziły do swojego upadku, pozostawiły niezniszczalne tablice z ostrzeżeniem dla przyszłych cywilizacji. We współczesnych czasach korporacja ARCAM wraz ze swoją paramilitarną jednostką – Spriggans – dążą do zabezpieczenia pozostałości tej technologii. Spriggan Yuu Ominae został wysłany, aby zbadać niedawno odkryte przez ARCAM pozostałości, które prawdopodobnie są mityczną Arką Noego. Jednak na drodze staje mu radykalna frakcja Departamentu Obrony USA, kierowana przez pułkownika MacDougalla. Wraz ze swoim towarzyszem, Jeanem Jacquemondo, Yuu musi pokonać MacDougalla i jego elitarnych żołnierzy, zanim będzie za późno.