„Submarine Super 99” to historia o młodym chłopaku, Susumu, który próbuje znaleźć swojego zaginionego ojca, genialnego naukowca Dr. Okiego. Susumu odkrywa złowieszczą intrygę tajnej organizacji o nazwie „Helmet Party”. Wiedząc wszystko o stworzonym przez swojego ojca niesamowitym okręcie podwodnym „Super 99”, Susumu z pomocą swoich przyjaciół i Korpusu Morskiego, wyrusza na niebezpieczną podwodną misję, aby powstrzymać spisek i odkryć prawdę o zaginięciu ojca.