W niedalekiej przyszłości, gdy technologia rozwija się błyskawicznie, oceany Ziemi stają się areną zaciekłego konfliktu. Tajemnicza organizacja zwana Ocean Empire, dysponująca potężną flotą nowoczesnych i niepokonanych łodzi podwodnych, pragnie przejąć kontrolę nad wszystkimi morzami. Głównym bohaterem jest młody Susumu Oki, którego dziadek skonstruował niezwykle zaawansowaną technologicznie łódź podwodną – Submarine Super 99. Wraz ze swą załogą Susumu wyrusza przeciwko zagrożeniu, próbując ocalić świat przed bezwzględnymi ambicjami wroga. Dynamiczna akcja, intensywne bitwy morskie oraz odwaga, przyjaźń i determinacja bohaterów tworzą przepełnioną napięciem przygodę, w której ważą się losy wolności i pokoju całego świata.
