Koguma jest licealistką prowadzącą samotne życie w malowniczym, lecz spokojnym miasteczku Hokuto w prefekturze Yamanashi. Bez rodziny, znajomych ani zainteresowań dziewczyna spędza monotonne dni w izolacji, aż pewnego dnia impuls prowadzi ją do zakupu używanego skutera Honda Super Cub. Od tego momentu rozpoczyna się jej skromna, lecz pełna ciepłych momentów podróż ku odkrywaniu radości codzienności. Krok po kroku Koguma nawiązuje pierwsze przyjaźnie, doświadczając jednocześnie wolności i niezależności, którą daje jazda ukochanym skuterem. „Super Cub” to subtelna, melancholijna opowieść o powszednich przygodach, rodzącej się przyjaźni i małych zmianach, które pozwalają dostrzec piękno ukryte w rutynie dnia.
