„Super Danganronpa 2.5: Komaeda Nagito to Sekai no Hakaimono” opowiada historię Nagito Komaedy, zwykłego chłopaka ze szkoły dla nadzwyczaj utalentowanych jednostek – Hope’s Peak Academy. Jedynym wyjątkowym celem Komaedy jest jego niewiarygodny pech, który doprowadza do szeregu nieszczęśliwych wypadków, zwłaszcza podczas podróży do szkoły. Mimo wszystko, Komaeda prowadzi dość normalne życie i jest zadowolony ze swojego skromnego kawałka szczęścia. Wszystko jednak zmienia się, kiedy tajemniczy chłopiec, który ogłasza się „Niszczycielem Świata”, przybywa, aby zniszczyć ten beznadziejny raj.