„Taiyou no Mokushiroku: A Spirit of the Sun” to kontynuacja historii o Japonii, która uległa katastrofalnej, naturalnej katastrofie. Wulkany, trzęsienia ziemi i tsunami wprowadziły kraj w stan wyjątkowy. 15 lat po tych wydarzeniach, Japończycy mieszkający na Tajwanie i rdzenni mieszkańcy tego kraju konkurują ze sobą o pracę, co powoduje konflikty. Główny bohater, Genichiro Ryu, jest jednym z ocalałych. Wychowany na Tajwanie przez rodziców adopcyjnych, stara się zaangażować w sytuację, mając nadzieję na pokojowe współistnienie obu stron.