„Tantei Gakuen Q” to historia o Kyuu, przeciętnym chłopcu o niezwykłej zdolności do logiki i rozumowania, który pragnie zostać detektywem. Dowiaduje się o istnieniu Dan Detective School (DDS) – słynnej szkoły, w której uczniom pozwala się nosić broń. Wraz z Megu, dziewczyną o fotograficznej pamięci, mistrzem sztuk walki Kintą, geniuszem programowania Kazumą i tajemniczym Ryuu, Kyuu rozwiązuje wiele złożonych przestępstw, zawsze dążąc do prawdy.