„Tantei Opera Milky Holmes: Alternative” to historia o czterech dziewczynach pochodzących od słynnych detektywów, które posiadają nadnaturalne moce zwane „Zabawkami”. W tego alternatywnego świata nie są one bezużytecznymi studentkami, ale utalentowanymi detektywami. Pod kierunkiem Kobayashiego Opery rozwiązują fascynujące zagadki.