„Transformers: Scramble City” to anime, które zaczyna się od przypomnienia przybycia Transformersów na Ziemię i historii Devastatora. Następnie rozpoczyna się oryginalna fabuła, w której Autoboty są pokazane podczas budowy potężnego „Scramble City”, nadzorowanej przez ich najnowszego członka, Ultra Magnusa. Kiedy Deceptikony dowiadują się o tym, wysyłają swoje roboty kombinatorowe do ataku, a następnie rozpoczyna się bitwa między nimi a ich Autobotami. Czy Autobotom uda się obronić swoje miasto?