„Tetsuwan Birdy Decode:02” to kontynuacja walki Birdy Cephon Altera, oficera Federacji Kosmicznej, i licealisty Tsutomu Senkawy, którzy nadal dzielą ciało. Tym razem ich misją jest pojmanie grupy kosmitów, odpowiedzialnej za katastrofę w Tokio, którzy ukrywają się na Ziemi. Sytuacja pogarsza się, gdy przestępcy stają się celem nieznanego mordercy. Birdy nie tylko musi poradzić sobie z codziennym chaosem, ale również odkryć tożsamość tego tajemniczego zabójcy, zanim więcej uciekinierów padnie ofiarą.